A 29 de Maio de 1978 é fundada com o nome de Associação de Estudantes do Instituto Universitário de Évora a organização representativa dos estudantes da Academia Eborense. Após a passagem de Instituto Universitário de Évora para Universidade de Évora em 1980 a associação assume a denominação de Associação de Estudantes da Universidade de Évora mantendo-se esta até 2010 altura em que passa a ser Associação Académica da Universidade de Évora (AAUÉ). A AAUE representa desde 1978 os estudantes desta academia interna e externamente.

Ao nível interno a AAUÉ tem assento no Senado Universitário, no Conselho de Acção Social, no Conselho de Avaliação, no Conselho Consultivo do Fundo de Ação Social da UÉ, no Gabinete para a Promoção do Sucesso Académico, no Conselho Desportivo da UÉ, no Conselho da Fundação Luís de Molina e na Assembleia de Representantes.
Ao nível externo a AAUÉ desempenha um papel político junto das outras associações congéneres, no Ministério da Educação e Ciência e está representada em órgãos estatais e regionais. Faz ainda parte do Fórum Académico para a Informação e Representação Externa (FAIRe) e na Federação Académica do Desporto Universitário (FADU), na qual é membro fundador.
A AAUÉ faz ainda parte do Conselho Municipal de Juventude, do Conselho Consultivo Regional do IPDJ e do Conselho Municipal de Educação.

Para além do trabalho político a AAUÉ promove atividades culturais e desportivas e presta aos seus membros, os estudantes, serviços variados, desde o lazer e a informação à formação extracurricular.
A primeira página de Internet da AAUE data de 1998. A AAUE diferencia-se ainda a nível nacional pelo fato de facultar a alunos bolseiros bilhetes a preço de sócio para a Queima das Fitas e Receção ao Caloiro prática que teve início pela primeira vez em 1999.

A AAUÉ está organizada em sectores, cada um com a sua área de intervenção e competências bem definidas.